메뉴별 기능 설명

Project

• 관련 프로젝트 리스트보기 생성, 편집, 삭제 기능

• 모든 사용자 생성, 관리 가능하며 편집, 삭제는 본인 것만 가능

• 해당 프로젝트 속하는 관련된 샘플이 있을 경우 삭제 불가

Sample

• 해당 샘플을 활용한 어셈블리 결과가 있을 경우 편집이나 삭제 불가

• 샘플추가: 프로젝트 선택 후 리스트 우측 상단 +Add 클릭

  • 샘플은 fasta 포멧의 파일 업로드 또는 직접 입력

  • 여러개 서열이 저장된 fasta 포멧의 파일을 업로드하여 한 번에다수의 서열을 입력 가능

• 샘플 정보 변경: 리스트에서 타깃 샘플 선택 후 Edit 버튼 클릭

• 샘플 제거: 리스트에서 타깃 샘플 선택 후 Delete 버튼 클릭

Design

• 어셈블리용 올리고머 디자인 수행

• PCA-PCR이나 Gibson 어셈블리를 활용할 수 있음

• 길이나 옵션에 따라서 시간이 걸림 (single cpu 수행시 Rstudio 콘솔창에서 progress 모니터링 가능)

• 디자인 방법

  1. Project 선택 (옵션)

  2. DNA sample 선택 (테이블에서 샘플 클릭)

  3. Maximum oligomer length: 주문시 최대 oligomer 길이 (최소 101bp, 최대 400bp)

  4. Maximum overlap lenght: 두 올리고머 사이의 상보 서열로 Tm 고려한 적절한 값 입력 (최소 5bp, 최대 99bp)

  5. Target 5’ overlap Tm: template와 nontemplate의 5’쪽 homologous sequence의 Tm (목표값에 가까운 서열로 결과물 생성)

  6. Target 3’ overlap Tm: template와 nontemplate의 3’쪽 homologous sequence의 Tm (목표값에 가까운 서열로 결과물 생성)

  7. 5’ exonuclease chewing back (first strand direction - ): 첫번째 및 마지막 fragment의 방향 조절, 외부 primer 이용시 등 특수한 경우 체크

     • GC 기본 설정은 30% < GC < 70%
     • 5’ Tm, 3’ Tm 동일하게 설정 (약 55도)

Assembly

• 디자인된 올리고머 목록 확인 가능

• 본인이 만든 어셈블리 삭제 가능

• Filter 옵션을 통해 project, sample 및 sample 등록 유저로 필터링 가능

• 디자인된 올리고머들의 통계 등 확인 가능

  • pOllen: 올리고머 길이 설정값
  • mOllen: 디자인된 올리고머 평균 길이
  • NumOli: 디자인된 올리고머 개수
  • pOvlen: 올리고머간 오버랩 길이 설정 값
  • mOvlen: 디자인된 올리고머간 오버랩 길이 평균값
  • pTm: 5’ / 3’ Tm 설정값
  • mTm: 디자인된 올리고머들의 오버랩간 5’ / 3’ Tm 평균값
  • MinTm: 디자인된 올리고머들의 오버랩간 5’ / 3’ Tm 값들 중 최소값
  • MaxTm: 디자인된 올리고머들의 오버랩간 5’ / 3’ Tm 값들 중 최대값

• 리스트 아이템 선택 후 ‘Show details’ 버튼으로 각 올리고머 상세 정보 확인

  • OligoLen: 올리고머 길이
  • OvlpLen: 다음 올리고머와의 overlap 길이
  • OvlpTm: 다음 올리고머와의 overlap Tm
  • OvlGC: 다음 올리고머와의 overlap GC 비율
  • Strand: 올리고머 방향
  • Sequence: 해당 올리고머의 상세 sequence
  • 올리고머 리스트 아래 그래프에서 각 올리고머의 binding region을 확인 가능(오차허용범위 20% 이하에서 일치하는 시퀀스)

• ‘Download excel’ 버튼으로 올리고머 주문 포멧으로 다운로드 (바로 주문 가능)

• ‘edit sequence’ 버튼으로 해당 어셈블리 데이터를 수정하기 위한 Optimizer 모듈로 전송

Optimizer

• low Tm: low(파란색)으로 표시할 Tm 상한치

• high Tm: high(빨간색)으로 표시할 Tm 하한치

• 디자인된 올리고머의 overlap region 확인 및 수정 가능

• LP: 왼쪽(5’)으로 overlap 1bp 연장

• LM: 왼쪽(5’)의 overlap 1bp 단축

• RM: 오른쪽(3’)의 overlap 1bp 단축

• RP: 오른쪽(3’)으로 overlap 1bp 연장

• aln: 각 overlap region의 상세 시퀀스 및 alignment(+strand 기준, 5’ to 3’)

• ovl_len: 각 overlap 길이

• Tm: 각 overlap의 Tm

• 수정 후 Save 버튼을 통해 새로운 어셈블리로 저장 가능